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微波殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變性，使細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細菌結構功能絮亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，決定細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA），是由若干氫鍵松馳、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體 嘁畸變，甚至斷裂。

     主要應用于粉狀、顆粒、片狀等食品、藥品（中草藥材、各種口服液）、營養品、糧食制品、農副產品、牛肉、肉脯、糕點、胡椒粉、方便面、豆制品、速食品、海產品、卡拉膠、調味品等的干燥脫水、殺菌、，杏仁、魚干、餅干、花生、桃仁、茶葉、干果等的烘烤、膨化、殺菌、殺青，醬菜、鹵味、各種肉制品小包裝的防霉、殺菌、保鮮，以及對各類速凍食品的解凍處理、酒類老熟和催陳處理，還用于各科研院校的科研。