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微波的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變性，使細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡;生物效應是微波電磁場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細胞因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。微波滅菌正是利用了電磁場的熱效應和生物效應對生物的破壞作用，因此，微波殺菌溫度低于常規方法，僅要70-105℃，時間僅約需3-5分鐘。

微波食品殺菌設備優勢特點

1.加熱迅速、均勻:不需要熱傳導過程，它能在瞬間穿透被加熱物料，穿透深度可達幾厘米，甚至十幾厘米，數秒到數十秒就能把微波能轉為熱能。微波具有選擇性加熱，使加熱更均勻。

2.節能高效:由于含有水分的物質極易吸收微波而加熱，因此，除少量的傳輸損耗外幾乎無其他損耗。微波加熱與遠紅外加熱相比，節約能量1/3。

3.防霉殺菌保鮮:微波加熱具有熱效應和生物效應，因此，能在較低溫度下滅霉和殺菌;很好的保存物料的活性和食品中的維生素、色澤和營養成分。

4.工藝先進，可連續生產:只要控制微波功率即可實現加熱或終止，它有完善的傳送系統，可確保連續化生產，實現計算機控制，節省勞力。

5.安全無害:由于微波能是控制在金屬制成的加熱室內和波導管中工作，所以微波被有效地控制。沒有放射線危害及有害氣體排放，不產生余熱，既不污染事物，也不污染環境，改善勞動條件。