1、食品原料的清洗殺菌
???食品原料（生鮮肉、解凍肉、生鮮水產品、直接來自地里的蔬菜、水果等）往往攜帶大量的細菌、病毒和真菌，在加工前必須清洗殺菌。4ppm以上的臭氧水能在幾分鐘內顯著減少或完全消滅原料表面的各種微生物。臭氧水還可以降解果蔬原料中農藥化肥殘留。畜禽屠宰過程使用臭氧水沖洗酮體、內臟、人手、工具和地面，既可殺滅細菌，同時還可以有效去除異味。
2、無菌包裝間、無菌實驗室、生產車間的空氣殺菌消毒?
雖然無菌包裝間的空氣大多已經過濾，但因各種原因空氣中仍然存在很多微生物，甚至大腸桿菌，長期連續使用臭氧空氣殺菌系統可以真正保障目標場所的無菌要求，重要的是正確確定臭氧的濃度以及系統的工作時間，并做到讓臭氧在場所內均勻分布，以滿足有效殺菌而不影響人員工作的目的。食品直接暴露在空氣中的加工車間，其空氣清潔衛生極其重要，化學噴霧或熏蒸的方法可能污染食品，紫外線燈除殺毒空間受到局限外，其殺菌效果受高濕環境和空間高度的影響而大打折扣。均勻分布、濃度適中的臭氧非常有效地解決了大空間的加工車間日常殺菌消毒的問題，不影響生產，無需專人管理。可根據不同生產班次安排確定適宜的系統工作程序。
3、更衣室和工作服消毒：生產車間的大部分細菌，都能通過加工人員的工作服帶入生產車間，嚴重時會導致大面積傳播，應引起足夠重視。食品加工企業大多數采用紫外線照射消毒，因紫外線照射的天然缺陷，消毒效果較差，而臭氧氣體可滲透服裝各個部位，故利用臭氧對工作服進行消毒是高效、簡單的方法。
4、物體的表面消毒
在食品生產過程中，常常要對工作服、瓶蓋、原輔材料、工裝器具、包裝材料等進行表面消毒，常常使用消毒柜，傳遞窗等。傳統的方法是用紫外線燈照射，問題主要是在于消毒不徹底，所以，若使用在諸如傳遞窗等要求不高的場合是可以的，但遠不如使用臭氧的效果好。用臭氧發生設備做成的消毒柜在食品行業使用是可靠的。只要不怕臭氧腐蝕的材料、物品都可以放在柜內進行消毒。臭氧濃度可以設計得高一點，可以取到100ppm以上，此類設備還可以做成負壓吸引和正壓脈動形式，促進臭氧化氣體滲透滅菌。
操作方法
1.可單獨將臭氧機放于空間外，將臭氧管放進需要消毒的空間，時間在1-1個半小時的時間為宜。如實壁掛，需將機器掛于2米高墻壁上，機器最好不要放于室內。待機器消毒完，需打開門窗通風半小時，已聞不到氣味為準，人方可入內。
2.其方法是將臭氧發生器直接連接在中央空調新風口的外面，臭氧通過新風口的渦流風機輸送到中央空調的風道中，然后被送入各潔凈區。按照衛生部消毒技術規范的要求，對空氣消毒的臭氧濃度是5ppm，但事實上，潔凈區的消毒不僅是對空氣的消毒，實際上還包括了對物體表面的消毒，所以，設計時的濃度一般應大于10PPM。每天上班前開機1.5—2.0小時，下班后開機1小時，就可以保證一天內潔凈區的浮游菌和沉降菌達到SSOP的要求。
從使用臭氧進行滅菌的食品廠的檢測報告可看到，菌檢全部合格，完全替代了令人頭痛的甲醛熏蒸大消毒。同時，使非生產作業減少，能耗減少，取得出滿意的效果。
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