易發生病蟲害。秸稈中的蟲卵、帶菌體等一些病蟲害，在秸稈直接粉碎過程中無法殺死，還田后留在土壤里，病蟲害直接發生或者越冬來年發生。現還沒有有效的措施進行處理。
4、中國農村的耕作制度，不適合大面積的機械作業，農民都是一家一戶，土地面積小，大面積，的農業機械作業還推廣不開，小面積的秸稈機械還田成本高，農民不易接受而且技術不成熟，在晴朗干燥的天氣作業造成黃土飛揚、塵埃滿天的污染。
秸稈還田是當今世界上普遍重視的一項培肥地力的增產措施，在杜絕了秸稈焚燒所造成的大氣污染的同時還有增肥增產作用。但若方法不當，可能會出現各種問題，首先就是有礙主茬小麥的出苗和苗齊苗壯;如果農田土壤保墑措施再跟不上，還會加速耕層土壤"綠水"的丟失，進而對于冬小麥的創高產不利。可以說，秸稈還田的麥田出苗不齊和苗黃問題是秸稈還田操作不標準，連帶引起小麥播種質量差所造成的。
為了避免來年不再產生秸稈還田引起出苗不好和麥苗發黃等問題，對于秸稈直接還田技術提出以下7點建議:
1、各類秸稈收割后.好立即耕翻入土，以避免水分損失而不易腐解，在水田上更應注意。
2、秸稈還田后，在腐解過程中會產生許多有機酸，在水田中易累積，濃度大時會造成危害。因此在水田水漿管理上應采取"干濕交替、淺水勤灌"的方法，并適時擱田，改善土壤通氣性。