1：比較而言，秸稈的飼料應用受畜禽保有量限制，難以大量消耗秸稈；秸稈制油、糖、醇等，需要專業復雜的設備，特別是糖、醇轉化過程中所用的酶依賴進口，關鍵技術國內不掌握；秸稈發電投資是正常電廠的兩到四倍，經濟效益不理想，燃燒秸稈的煙氣和灰塵污染環境；秸稈顆粒燃料只改變了物理形狀，對環境的污染與秸稈直接燃燒相同，造粒過程耗能和燃燒產生的能量比較看也不劃算
.嚴重影響大氣環境質量 秸稈露天焚燒直接導致大氣污染，影響大氣環境質量。焚燒產生的濃煙中含有大量的CO、CO?2和SO?2等有毒有害氣體，對人體健康產生不良影響。
2. 對交通安全構成威脅 露天焚燒秸稈產生的濃煙，直接影響民航、鐵路、高速公路的正常運營，對交通安全構成潛在威脅。
3. 形成新的火災隱患 近年來，秸稈露天焚燒導致火災事故頻頻發生。據報道，河南省每年因燃燒秸稈造成直接經濟損失達10億元。在麥收期間，由焚燒秸稈引起的火災占火災起數的大部分。
農作物秸稈是天然的有機肥料，含有多種營養成份，對于改良土壤、培肥地力作用十分顯著。鹽堿土覆蓋秸稈，還有防止土壤返鹽、改良鹽堿土的作用。據實驗測定：每畝還田秸稈500千克，其養分含量相當于碳銨12千克，過磷酸鈣6千克，硫酸鉀6千克或相當于25千克的25％復合肥。