是秸稈處理的成本太高，機械收割留茬較高，影響下一季玉米的播種
二、是科技轉化力度不夠，秸稈的經濟價值難以發揮。現實中，由于科技轉化力度不夠，要么實施成本太高，比如用秸稈做沼氣原料，一個沼氣池至少要花費三四千元，讓農民望而卻步；要么就是回收價格太低，把秸稈賣給那些養牛大戶才幾分錢一斤。
三、缺乏正確的引導。近年來，對于農作物秸稈綜合利用，雖然提出了不少解決的辦法，但缺乏針對性、實用性、時效性和具體性，大多以行政手段和獎懲措施為主，無人去做秸稈利用的組織、協調和轉化工作，只堵塞不開流，導致禁燒工作收效不大。
四、缺乏處置技術。首先，多數農戶基本不用秸稈當柴燒，只剩下“付之一炬”。其次，農民找不到秸稈“變廢為寶”的途徑。原有的其它小麥秸稈加工行業，如草帽、草苫等，也因替代產品的出現而基本淘汰。第三、農作物秸稈還田推廣緩慢，第四，秸稈飼料處理成本高，難度大。另外，加工食用菌基料和漚造有機肥，這些簡便易行的秸稈處理方式，也都是家庭式、規模小，缺乏統一的組織管理，沒有形成規模效益。