金絲桃全草長約80CM，光滑無毛。根呈圓柱形，表面棕褐色，栓皮易成片剝落，斷面不整齊，中間可見極小的空洞。老徑較粗，圓柱形，直徑4-6MM，表面淺棕褐色，可見對生葉痕，栓皮易成片脫落。質脆、易折斷，斷面不整齊，中空明顯。幼莖較細，直徑1.5-3MM，表面較光滑，節間呈淺棕綠色，斷苗中空。葉對生，略皺縮易破碎；完整葉片展形呈長橢圓形，全緣，上面綠色，下面綠色，下面灰綠色中脈明顯突起，葉片可見透明腺點。氣微香，味微苦。
根橫切面木栓層約10余列細胞；皮層細胞類圓形，可見少數的分泌腔，直徑11-16；韌皮射線不明顯；形成層明顯；木質部寬廣，導管呈放射狀排列；髓部較小，薄壁細胞類圓形。本品薄壁細胞含草酸鈣簇晶。
老莖：木栓層約8列扁長方形的棕色細胞；皮層薄壁細胞類圓形，散有分泌腔，直徑10-16；韌皮部亦散有少量分泌腔，射線部明顯；形成層明顯；木質部細胞木話，木纖維較發達，導管大多為單列呈放射狀排列，木射線寬1-2列細胞；髓大，本品薄壁細胞含草酸鈣簇晶。
幼莖：表皮細胞長方形，細胞壁略增厚；表層較寬，散有分泌腔，直徑9-16.并可見微木化纖維束斷續排列呈環帶狀；韌皮部亦散有少量分泌腔。余同老莖。
