首先我們要知道在一個循環水系統中，紫外線輸入功率、循環水流速和水的UV254的透射率是影響紫外線殺菌效果的3個重要因素。單位水體的紫外線功率越大，殺菌效果越好；水體通過紫外燈殺菌器的流速越大，總殺菌效果加大；UV254透射率越大，殺菌效果越好。
一、水流量
在紫外線劑量一定的情況下，細菌、病毒、藻類等微生物接觸紫外線達到相應的時間時，細胞才會被破壞，微生物才會被殺滅。而影響微生物與紫外線接觸時長的因素是水流量，流量越大，接觸時長越短，流量越小，接觸時長則越長，不同的流量需要不同的紫外線功率來進行消毒，以達到合格的標準。因此在在選擇紫外線消毒器時要根據水流量來選擇，一般要滿足峰值流量的消毒要求。
二、水質特點
水質的特點主要考慮紫外線的穿透率（UVT），水的UVT決定紫外線對水的穿透程度，而水中的病原體需要接觸到充足的短波紫外線，才能被徹底滅活，用石英試管采集水樣，然后讓254納米波長的紫外線通過水樣，就可以確定水的UVT。穿過樣本的紫外線所占的百分數被稱為樣本的“UVT”。通常使用的試管具有10毫米的路徑長度，在這種情況下，UVT讀數被稱為是“T10”的讀數。水中的生化需氧量（BOD）、化學需氧量（COD）、濁度（turbidity）和總懸浮固體量（TSS）等都是影響UVT的因素，其中，當TSS一旦超過50毫克/升，就會出現所謂的“屏蔽”現象；水中懸浮的固體顆粒對病原體起到了“遮蔽”作用，從而使短波紫外線無法接觸到病原體。客戶了解水質的特點選擇生產功率、產品材質合適的紫外線消毒器。
三、需要滅活的微生物
水中不同微生物對紫外線具有不同的抵抗力，為了滅活不同的微生物，就需要不同的短波紫外線接觸量。為了正確選擇和根據實際情況制造紫外線消毒器，必須先確定哪些病原體需要被滅活。需要注意的是，不管采用哪種消毒方法（紫外線、氯或其他消毒方法），都無法滅活所有的病原體。能做到的是使病原體的數量減少一個可預計的數量。這種可預計的數量被稱為“log”減少量（如同“對數”減少量）。“一個log”（通常稱為“1 log”）的減少量是指流入的目標病原體數量減少90%。2 log減少量指減少量為99%，3 log減少量為99.9%，依此類推。為了滅活各種不同的病原體，使其數量減少一定的對數（log）減少量，需要計算出了所需的紫外線接觸量。
四、需要達到的處理標準
不同的處理標準需要不同的紫外線劑量，也就是不同的功率，飲用水和食品廠用水、生活用水的消毒要求相對較高，其他用水，如泳池、景觀等次之，污水消毒也需要按相關的排放標準來進行消毒。
可根據以上幾個參考要素來選擇合適的紫外線消毒器，給廠家提供流量、處理標準、管徑等參數后，廠家會提供相應的產品選擇。