一套完整的反滲透設備系統分別由預處理部分、反滲透主機（膜過濾部分）、后處理部分和系統清洗部分共同組成。
預處理部分：
反滲透設備的預處理常常由石英砂過濾裝置、活性炭裝置、精密過濾裝置組成，主要目的是去除原水中含有的泥沙、鐵銹、膠體物質、懸浮物，色素、異味、生化有機物，降低水中的余氨值及農藥污染等有害的物質。如果原水中鈣鎂離子含量較高時，還需增加軟水裝置，主要目的在于保護后級的反滲透膜不受大顆粒物質的破壞，從而延長反滲透膜的使用壽命。
反滲透主機：
主要有增壓泵、膜殼、反滲透膜、控制電路等組成，是整個水處理系統中的核心部分，產水水質的好壞主要也取決該部分。只要膜的型號及增壓泵的型號選取得當，反滲透主機對水中鹽分的過濾能力都能達到99%以上，出水電導率可保證在10us/cm（25度）以內。
后處理部分：
主要是對反滲透主機制取的純水作進一步的處理，如果后續工藝接離子交換或電去離子（EDI)設備，則可以制取工業用超純水，如果用在民用直飲水工藝上，則常常接后置殺菌裝置，例如可以接紫外線殺菌燈或者臭氧發生器，從而使出來的水可以直接引用。
清洗部分：
為了保證反滲透設備系統的正常運行及延長反滲透膜元件的使用壽命，當反滲透設備系統運行一段時間后為去除碳酸鈣垢、水中金屬氧化物垢、生物滋長（細菌、真菌、霉菌等）等物質就需要對系統進行清洗。
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