磁力泵的優點就是無泄漏，從而徹底解決了“跑、冒、滴、漏”問題。但是相應的磁力泵缺點有：1、找正要求高2、入口物料不干凈的情況下，容易磨損內磁缸及隔離套3、磁力泵的隔離套制作材料要求較高。4.不允許磁力泵無料空運轉5.磁力泵效率較普通的離心泵要低6、價格相對較貴。7、使用范圍限制：磁力泵對泵的工作環境中的使用環境溫度、電機溫度、最大工作壓力以及介質密度和顆粒要求等8、長時間的使用，即使在機械零部件無損壞的情況下，依然可能因為磁力減弱的原因而無法繼續使用。
泵打不出液體。泵打不出液體是泵最易出現的故障，其原因也較多。首先應檢查泵的吸入管路是否有漏氣的地方，檢查吸入管內空氣是否排出，泵內灌注的液體量是否足夠，吸人管內是否有雜物堵塞，還應查一查泵是否反轉（尤其是在換過電機后或供電線路檢修過后），還應注意泵的吸上高度是否太高。通過以上檢查若仍不能解決，可將泵拆開檢查，看泵軸是否折斷，還應檢查泵的動環、靜環是否完好，整個轉子可否少量軸向移動。若軸向移動困難，可檢查炭軸承是否與泵軸結合的過于緊密。
特殊情況下在磁力聯軸器出現滑脫（失步）時，隔套中的渦流熱量會急劇增長，溫度急劇上升，如不及時處理，會引起磁鋼退磁，使磁力聯軸器失效。因此磁力泵應設計可靠的冷卻系統。對不易汽化的介質，冷卻循環系統一般由葉輪出口或泵出口引出液流，經軸承和磁傳動部分回到吸人口，對易汽化的介質，應增加換熱器或將液流引到泵外的貯罐，避免熱量回到吸人口，對有固體雜質或鐵磁性雜質的介質，應考慮過濾，對高溫介質，則應考慮冷卻，以保證磁力聯軸器不超過工作極限溫度。