1.柱塞泵的活塞和泵體之間存在縫隙，柱塞泵通過活塞擠壓，讓高速流量藥液通過/入小孔徑通路時，所產生的剪切力Shear force可能會對剪切力敏感的某些生物產品產生潛在影響。2.如果產品粘度較高，柱塞泵在活塞擠壓藥液時，容易產生內腔較大的壓力，在微量灌裝時這種壓力容易影響灌裝精度，而蠕動泵相比而言，灌裝壓力相對較低。3.有些產品對金屬部件存在反應，那么無金屬部件的一次包材所構成的灌裝套件也避免了藥液與金屬的接觸。
這與材料相容性密切相關。損害泵濕潤部件完整性的化學品可能導致泵的損壞，從而形成泄漏通道。泵泄漏從來不是一件好事，如果泄漏的液體對人類和環境有害或危險時，問題就會變得更加令人擔憂。許多不同類型的物質，不只是化學品，都會造成水的污染。如果所用的泵技術不能輸送帶有顆粒的水，污垢、巖石、沙子和細小的污染物顆粒都會成為阻礙泵順利運行的事物。顆粒含量比較大的廢水粘度也會較高，而粘稠的液體對于某些類型的泵來說，是比較難處理的。
蠕動泵主要由驅動器、軟管1、裝在轉子3上的滾輪2和外殼組成。在這些構件中，軟管1用橡膠或塑料等彈性材料制成，其余則為金屬剛性件。蠕動泵的動作柔和，適用于不耐剪切的流體。這種泵的結構簡單可靠，也是泵送中等流量、中等壓力的磨損性、易損及腐蝕性流體的理想選擇。由于只有軟管與流體接觸，所以它們的維護也很簡單。蠕動泵的工作原理是利用了一根軟質的彈性體管承受變形并恢復到最初形狀的能力。蠕動泵就像用手指夾擠一根充滿流體的軟管，隨著手指向前滑動管內流體向前移動。蠕動泵也是這個原理只是由滾輪取代了手指。通過對泵的彈性輸送軟管交替進行擠壓和釋放來泵送流體。就像用兩根手指夾擠軟管一樣，隨著手指的移動，管內形成負壓，液體隨之流動。