工業CT利用的是X射線，是電離輻射，X射線直接照射確實會對人體會有損害。但是工業CT都有非常可靠的屏蔽設施和保護措施來保證測試人員安全。
電壓低于450kV的工業CT，防護相對比較簡單，一般采用鉛鋼結構的自屏蔽防護室；或者采用混凝土防護室設計；輻射泄露率控制在1μSv/h級別，對人體不會有影響。
此外X射線區別于γ射線這類放射性源頭，X射線只有在通電情況下才會產生，因此，一般設備會采取門機聯鎖的保護，并配上急停按鈕的方式，來進一步保證安全。
此外如果從事相關工作，建議依據環保局的要求，在獲得輻射安全許可證和上崗證的條件下進行工作，并且平時工作中配備個人劑量片和輻射報警儀，并且定期對設備進行輻射泄漏率檢測。