常見的通風方法有自然通風、機械通風和空調系統等。
通風筒上口設有通風帽，又稱風斗。常用的有煙斗式、排風筒式、鵝頸式和蘑菇式。煙斗式通風帽多用于小型挖泥船和機艙通風。風斗套在管座上，上面設有把手可以轉動風斗。排風筒多用于小型挖泥船靠近兩舷的艙室。鵝頸通風帽用于水柜或油柜上，上口設有濾網。蘑菇式通風帽設在桅頂的用于料艙通風。用廚房和住艙通風的，應裝有可調節螺桿，在室內旋轉調節手輪調節開口的大小。
機械通風是用通風機把新鮮空氣鼓入挖泥船的艙內或把艙內空氣抽出，以達到通風換氣的目的。
空調系統通過對外界空氣進行過濾、加熱(或冷卻)和加濕，并把處理后的空氣送至各料室來調節室內溫度和濕度，起到制造人工小氣候的作用，以改變船員的工作條件。
