絞吸式挖泥船的弊端和限制：一是施工時占據水域面積較大。擺動錨、排泥管、排泥管錨都占據了面積，使得施工和航行之間發生矛盾。如果不能封閉航道施工，還要兼顧航行方便，施工時就要有航政單位規定開放航行時間和有關安全避讓的措施。這些都要占用一部分生產時間；另一個缺點是挖泥船的調遷比較困難。這種挖泥船多半是非自航的，調遷時需拖帶大批浮排泥管和岸排泥管，因此不得不雇用拖輪、駁船或者起重設備來協助工作。此外，排泥區受排泥管長度和泥泵功率的限制，不能超過一定距離范圍。
絞吸式挖泥船上排泥管從泥泵處接出后，直接升高到甲板室頂部，然后水平的通向船尾，再沿甲板室后壁向下彎曲與水上排泥管相接。這種布置的目的是，使泥泵造成的速度頭幾乎全部轉化為泥泵的位能，以增加排泥時的靜壓頭，而且檢修方便。